在国务院关于自贸试验区的总体方案中，加快政府职能转变被置于首位。在各部委对自贸试验区的支持中，简政放权亦被放在关键位置。
商务部部长助理王受文说，自贸试验区在市场准入方面有重大改革。对外商投资在负面清单以外的，不用审批而采取备案的方式。清单内需要审批的，商务部也促成审批权下放到省级。此外，对于国内企业到境外投资，也采用了备案的方式。
海关总署副署长孙毅彪表示，自贸试验区成立一年来，海关共推出23项监管服务新政。
“凡市场能调节、社会能管理、行业能自律、企业能自主的，就要有序地 放 。”海关总署署长于广洲举例说，自贸试验区从账册备案到核销的企业操作环节由34项减为10项，减少了70.6%。此外，取消了报关企业注册登记等7项行政许可;将预归类等5项事权让渡给市场。
“工商部门对自贸区的支持涉及工商登记制度改革、优化企业设立流程，以及转变市场主体监管方式等三个方面，共计9条具体措施。”国家工商总局副局长刘玉亭说。
相关部委负责人表示，自贸试验区已推出的改革措施是否有效，要让“市场检验、企业评价、社会认可”。
统计显示，自贸试验区实施负面清单制度后，新设外商投资企业数量同比增加约10倍。截至今年8月底，自贸试验区新设外资企业1615户，落户自贸试验区的外资项目数量达上海全市的四成。
“从企业反馈看，自贸区改革成效明显。”孙毅彪说，企业物流时间节省了2-3天，成本下降了10%;卡口等待时间大幅缩短，“之前是要6分钟，半年前减少到了45秒，现在大概5秒就可以了”，“这个提速效应出乎意料，一开始我都以为是报错了。”
工商制度创新方面，刘玉亭用“卓有成效”四字来形容。
刘玉亭说，通过放宽准入，今年以来自贸试验区新设企业约1.2万户，超过原上海综合保税区过去20年的企业存量。借鉴国际通行规则，自贸试验区将12种类型的企业营业执照统一成1种样式，既体现了不同类型企业在法律上的平等地位，也为自贸试验区率先实现登记发照全程电子化创造了条件。
自贸试验区的改革，无一例外体现了政府从“重审批、轻监管”向“宽准入、严监管”的转变。如何强化事中事后监管体系，成为各部委下一步重点工作。
目前，商务部正配合自贸试验区管委会，完善社会信用体系、信息共享平台和相关执法体系建设，协助上海制定针对外资的事中事后的管理办法。
孙毅彪说，“放得开也要管得住”。自贸试验区改革后，很多业务量呈两位数增长，而海关人员不可能同比例增加。为配合监管重心下沉，自贸区海关实施“瘦上强下”的机构改革，将领导机构、职能部门和一线人员数量按5%、20%、75%比例进行配置。
刘玉亭说，改革过程中出现了一些新问题：一是放宽市场准入后，加强事中事后监管的紧迫性凸显，具有系统性、整体性、综合性、协调性的“严管”制度体系尚未建立，社会共治环境有待加快形成;二是工商部门与有关行业主管部门之间的协同管理方式需要创新突破。这些都是下一步改革的方向。
“上海自贸区就是探新路，并且还要让苗圃变森林，可复制可推广。”孙毅彪说。